شکل نگرفتن مدیریت یکپارچه شهری همیشه هزینه زا بوده و در نهایت به ضرر شهروندان و بودجه‌های عمومی تمام‌شده و تا زمانی که مدیریت یکپارچه شهری عملیاتی نشود با موازی کاری یا همپوشانی اقدامات یا حتی دخالت در حیطه وظایف قانونی یک‌نهاد توسط دستگاه‌های دیگر شاهد افزایش نارضایتی‌های عمومی و گاهی هم از دست رفتن فرصت‌های طلایی توسعه شهر خواهیم بود که نمونه بارز آن در جاماندن قم از مرحله اول جهش تولید مسکن به‌وضوح نشان داده شد و دود آن به چشم زوج‌های جوان و شهروندان کمتر برخوردار جامعه رفت.